Biblioteka Bošnjačkog instituta predstavlja jedinstveni primjer kulturne tradicije Bosne i Hercegovine. Dugogodišnje prikupljanje i klasificiranje građe Adil-bega Zulfikarpašića i supruge Tatjane Zulfikarpašić rezultiralo je bogatom kolekcijom koja danas ima posebnu vrijednost i trajni pečat u afirmaciji bosanskohercegovačke kulture i civilizacije.
Biblioteka sadrži preko 100 000 bibliotečkih jedinica i izvora za proučavanje bosanskohercegovačke historije i kulture Balkana, te pruža velike mogućnosti za naučno-istraživački rad iz oblasti društveno-humanističkih nauka. Posjeduje bogatu kolekciju periodičnih publikacija od 3000 naslova. Glavni dio fonda čine publikacije o kulturnoj historiji Bošnjaka i njihovih veza sa ostalim južnoslavenskim narodima.
Sastoji se od nekoliko odjela: Bosnika, Serbika, Kroatika, Jugoslavika, Islamika, Turkika, Arhivska građa i Odjel enciklopedija, leksikona i rječnika.
Posebnu važnost imaju kolekcije specijalnih zbirki kao što su orijentalni rukopisi, stara i rijetke knjiga, kartografska zbirka i zbirka razglednica.
U zbirci starih i rijetkih knjiga može se pronaći prvi prijevod Biblije na mađarski jezik Szent Biblia iz 1590. g., Hronologija cijelog svijeta autora Marcusa Zeuriusa van Boxhorna Marci-Zueri Boxhorni chronologia praecipuorum universi orbis imperiorum iz 1688. g., te Historia Saracenica, djelo autora Al-Makina iz 1625. g., izvedeno od perzijskog pisca Al-Taberija. Historia Saracenica predstavlja prvi prijevod arapskog teksta toga vremena. Latinsku verziju je preveo Thomas Erpenius (Thomas Van Erpe).
Godišnje, fond biblioteke se povećava za oko 3500 bibliotečkih jedinica kupovinom, poklonom i saradnjom u vidu razmjene knjiga sa mnogim srodnim institucijama u zemlji i inostranstvu. Kupuju se i nabavljaju najnovija izdanja iz oblasti društveno-humanističkih nauka i redovno se popunjava fond starih i rijetkih izdanja.
Značajan dio fonda predstavljaju i privatne biblioteke uglednih znanstvenika dr. Smaila Balića, dr. Dušanke Bojanić-Lukač, prof. Muhameda Hadžijahića i drugih. Vrijednu građu biblioteke predstavljaju i poklonjene privatne zbirke Alije Širbegovića, Hifzije Suljkića, Ašide Čaušević, Amile Mulabegović, Derviša Kurtovića, Enesa i Munevere Baš, Silvane Čengić, Halida Kuburovića, Šefketa Arslanagića i mnogih drugih pojedinaca
Građa biblioteke namijenjena je svim zainteresiranim znanstvenicima, istraživačima i studentima iz Bosne i Hercegovine i inostranstva. Obrađena je u elektronskom katalogu EOS Web koji se dostupan svim zainteresiranim istraživačima preko web stranice Bošnjačkog instituta.
Edin Hadžimuratović poklonio dio privatne zbirke svog oca Biblioteci Bošnjačkog instituta
Biblioteci Bošnjačkog instituta poklonjena je privatna biblioteka prof. dr. Ilijasa Hadžibegovića




